RTO與CO在處理廢氣的時候，廢氣適用種類是有所區(qū)別的，RTO與CO可以用于處理烷烴、芳香烴、酮、醇、酯、醚、部分含氮化合物等有機(jī)廢氣。

  硫磷類廢氣會使催化劑中毒，不適合用CO處理，而如果忽略含硫磷廢氣燃燒時對設(shè)備儀表的少量腐蝕，可以限制性的使用RTO處理。

  由于處理溫度均<1150℃，兩種工藝都不能用于處理含鹵代烴廢氣以避免產(chǎn)生二噁英。部分類似硅烷類的廢氣因?yàn)槿紵笊傻墓腆w塵灰會堵塞催化劑或蓄熱陶瓷或切換閥密封面，所以RTO和CO都不能使用。

  含漆霧粉塵類廢氣要預(yù)過濾以避免切換閥關(guān)不緊、蓄熱體阻塞等現(xiàn)象，RTO的預(yù)處理要過濾到至少F6級;而CO處理廢氣主流通道上無切換閥，加上可以采用讓廢氣流速較高粉塵不易結(jié)存、定期給整個系統(tǒng)升溫回火將粉塵剝離分解等方法，因此CO的預(yù)處理只需簡單過濾到G4級。

  此外，因?yàn)楹鬃跃塾袡C(jī)物(如丁二烯、丙烯酸酯等)廢氣會影響到切換閥的有效開閉，同時也可能在位于廢氣進(jìn)口處的蓄熱體上低溫沉積，使用RTO處理該類廢氣時會有安全隱患，而CO則不受影響。